25 lip Wykreślenie z rejestru VAT – kiedy może nastąpić i jakie są tego konsekwencje dla podatnika?
Szanowni Państwo,
w praktyce gospodarczej zdarzają się sytuacje, w których podatnik zostaje usunięty z rejestru czynnych podatników VAT – zarówno z własnej inicjatywy, jak i z urzędu. Warto wiedzieć, jakie przesłanki mogą do tego doprowadzić, jakie są skutki takiego wykreślenia oraz jakie prawa przysługują podatnikowi w przypadku, gdy kontrahent został usunięty z rejestru VAT już po dokonaniu transakcji.
Poniżej przedstawiamy zestawienie najważniejszych sytuacji, w których możliwe jest wykreślenie podatnika z rejestru VAT, wraz z krótkim omówieniem ich konsekwencji.
Wykreślenie podmiotu z rejestru VAT
Przepisy ustawy o VAT (art. 96 i 97) przewidują szeroki zakres sytuacji, w których organ podatkowy ma prawo wykreślić podatnika z rejestru VAT. Poniżej przedstawiamy kilka z nich:
- Wykreślenie na wniosek podatnika – podatnik, który zaprzestał prowadzenia działalności gospodarczej, ma obowiązek poinformować o tym naczelnika urzędu skarbowego, składając stosowny formularz VAT-Z. Zgłoszenie to stanowi podstawę do usunięcia podatnika z rejestru VAT zgodnie z art. 96 ust. 6 ustawy o VAT.
- Wykreślenie z powodu śmierci podatnika – w przypadku śmierci osoby prowadzącej jednoosobową działalność gospodarczą, urząd skarbowy dokonuje wykreślenia z urzędu, chyba że z Centralnej Ewidencji i Informacji o Działalności Gospodarczej wpłynęła informacja o ustanowieniu zarządcy sukcesyjnego lub zgłoszono inne zmiany dotyczące kontynuacji działalności.
- Brak kontaktu z podatnikiem – organ podatkowy może również usunąć podatnika z rejestru VAT w przypadku, gdy mimo podejmowanych prób nie ma możliwości nawiązania z nim kontaktu (bądź z jego pełnomocnikiem). Dotyczy to m.in. sytuacji, gdy podatnik nie odbiera korespondencji, nie stawia się na wezwania lub dane w zgłoszeniu rejestracyjnym są nieprawdziwe. Taka decyzja podejmowana jest bez konieczności informowania podatnika.
- Brak składanych deklaracji lub deklaracje „puste” – w przypadku, gdy podatnik nie złoży wymaganych deklaracji VAT przez trzy kolejne okresy rozliczeniowe lub składa przez dłuższy czas deklaracje pozbawione danych o transakcjach (brak sprzedaży, zakupu czy importu), naczelnik urzędu skarbowego może wykreślić go z rejestru VAT z urzędu.
W analogiczny sposób może zostać wykreślony podatnik, który zawiesił wykonywanie działalności gospodarczej na okres przekraczający sześć miesięcy.
Podatnik wykreślony z urzędu z rejestru VAT (na podstawie art. 96 ust. 9 pkt 1–4 lub ust. 9a pkt 2 ustawy o VAT) może w ciągu 2 miesięcy złożyć wniosek o przywrócenie do rejestru. Nie musi ponownie składać zgłoszenia VAT-R, ale musi złożyć brakujące deklaracje oraz wyjaśnienia potwierdzające, że prowadził działalność gospodarczą. Zgodnie z art. 96 ust. 9h, dotyczy to także sytuacji, gdy brak sprzedaży lub zakupów wynika ze specyfiki działalności.
- Prowadzenie działań wskazujących na udział w nadużyciach podatkowych – wykreślenie z rejestru może również nastąpić, jeżeli istnieją podstawy do podejrzeń, że podatnik uczestniczy (bezpośrednio lub pośrednio) w mechanizmach oszustw podatkowych – przykładowo poprzez wystawianie nierzetelnych faktur czy współpracę z kontrahentami uczestniczącymi w karuzelach podatkowych.
Wykreślenie z rejestru VAT UE
Podatnik może zostać wykreślony również z rejestru VAT UE, m.in. w przypadku:
- niezłożenia informacji podsumowujących przez trzy kolejne miesiące (lub kwartał),
- braku wykazywanej sprzedaży/nabycia w składanych JPK_VAT,
- wcześniejszego wykreślenia z rejestru podatników VAT krajowych.
Podatnicy zagraniczni z siedzibą w innym państwie członkowskim UE, którzy zostali zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni w Polsce, mogą zostać automatycznie wykreśleni w momencie zmiany ich statusu (np. wskutek nadania numeru EX i zwolnienia z VAT).
Czy wykreślenie kontrahenta z rejestru VAT pozbawia prawa do odliczenia podatku?
Jeśli podatnik nabywa usługę (np. budowlaną) od kontrahenta, który w momencie realizacji usługi i wystawienia faktury był czynnym podatnikiem VAT, zachowuje prawo do odliczenia podatku naliczonego – nawet jeśli kontrahent został później wykreślony z rejestru VAT (interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z 17.04.2025 r., nr 0111-KDIB3-1.4012.107.2025.2.KO).
Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, warunkiem odliczenia jest związek nabycia z działalnością opodatkowaną. Ograniczenia wynikają natomiast z art. 88 ust. 3a (np. faktura wystawiona przez nieistniejący podmiot – pkt 1 lit. a, czynność nieistniejąca – pkt 4 lit. a, czy transakcja zwolniona z VAT – pkt 2). Organy skarbowe potwierdziły, że wykreślenie kontrahenta po wykonaniu usługi nie odbiera prawa do odliczenia VAT, jeśli w momencie transakcji spełnione były warunki ustawowe. Istotnym jest, że przy odliczaniu podatku VAT ważne jest sprawdzanie statusu kontrahentów (w praktyce m.in. w tzw. białej liście). Brak tej weryfikacji może bowiem spowodować zarzut niedochowania należytej staranności i skutkować zarazem brakiem prawa do odliczenia VAT przy zakupie towaru czy usługi.
Źródła:
https://ewydanie.gofin.pl/czasopisma/html/artykul/323463/wykreslenie-kontrahenta-po-wykonaniu-uslugi-nie-ogranicza-prawa-do-odliczenia-vat
https://ewydanie.gofin.pl/czasopisma/html/artykul/323462/przyczyny-wykreslenia-podmiotu-z-rejestru
Pozdrawiamy
Zespół Coinbaq Business Solutions oraz Śląskiego Centrum Finansowego